La chiesa forse era l'elemento più antico, ma di essa non resta più nulla, era forse più piccola, modesta e disadorna, ai tempi degli Oliva. 

Su di essa sorse l'impianto romanico rimaneggiato profondamente ed arricchito dopo il XVII secolo, dai Carpegna.

L'interno fu fortemente modificato e restano solo delle arcate, ormai trasformate in archivolti di cappelle nella parete destra. 

Anche l'altare maggiore, sul quale campeggia una maestà lignea, è stato più volte ristrutturato. La chiesa abbaziale venne restaurata già dal XIII secolo, ma i lavori più consistenti vennero fatti nel 1320, dopo che ci fu un grosso terremoto e seguirono quindi lavori di ristrutturazione. 

Nella seconda metà del XIV secolo la struttura monasteriale aveva assunto la conformazione massiccia del Palatium. L'asse esterno, che univa chiesa e abbazia, era un loggiato, di cui ancora restano tracce murarie. Un grande arco nella parete destra ha fatto ipotizzare i tecnici che l’impianto originale doveva essere a due navate e non ad aula unica come è tuttora.

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